Enquanto as principais cirurgias acarretam um certo nível de risco, os riscos e as considerações a seguir são específicos para este procedimento:

Será necessário um período de adaptação às evacuações, que poderão ser muito líquidas e frequentes, melhorando no decorrer do tempo, mas que podem permanecer para sempre
Distenção abdominal e evacuações ou gases mal cheirosos
Suplementação vitamínica por toda a vida
Recomendável a monitoração por toda a vida para cuidados com má nutrição protéica, anemia e doenças ósseas
Aumento do risco de formação de cálcio biliar, aumento do risco de remoção de vesícula biliar
Irritação intestinal e úlcera gástrica
Suscetibilidade para Síndrome de Dumping com ingestão de doces, líquidos altamente calóricos ou produtos de laticínio